Η ερευνητική δραστηριότητα του Εργαστηρίου χωρίζεται σε τρεις (3) ερευνητικές θεματικές ενότητες:
α) Φυσική των Ρευστών και Περιβαλλοντική Μηχανική,
β) Διαχείριση Υδατικών Πόρων και Σχεδιασμός Έργων,
γ) Διάδοση Κυμάτων και Αλληλεπίδραση Κυματισμών και Θαλάσσιων Κατασκευών.
Καταβάλλεται προσπάθεια η ερευνητική δραστηριότητα του Εργαστηρίου να αντιμετωπίζει και προβλήματα της ευρύτερης περιοχής της Θεσσαλίας. Παρακάτω παρουσιάζονται οι ερευνητικές δραστηριότητες του Εργαστηρίου για κάθε μία θεματική ενότητα: